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愛滋器捐事件餘波盪漾！台大院長陳明豐沒在事發後第一時間出面，反而讓發言人上火線，過了三天才面對媒體說道歉，這種「以拖待變」的做法，讓台大醫院內的醫師們醞釀著不滿情緒，加上三年前台大火災造成病患死亡，陳明豐至今也沒道歉，院內許多教授級醫師都對此不滿，希望抓姦院長下台負責。

台大醫院發言人譚慶鼎對於院長下台事情並未回應，只重複報告中「台大醫院並不負責懲處問題」的言論，對於院長的情況或其他人事職務變動，尚未進行任何討論。台大院長陳明豐對此則低調表示，「但該負的責任，我不會迴避」，強調8月26日星期五事發後，就一直坐鎮院內指揮，並指示隔天由發言人對媒體說明，也承認「出來面對媒體是晚了點」。

對於愛滋器捐案，衛生署醫事處長石崇良直接批評台大是「老大心態」，尤其是某些資深或大牌醫師，缺乏自我反省能力，「不能把整件事情都怪在一個協調師身上，該負責的一個都跑不掉。」石崇良坦言要對昔日長官或同事「下手處理」，內心幾度煎熬，他建議台大要趁此機會改變態度，以謙卑面對社會大眾，才能重新拾得信任抓姦。

許多在台大服務多年的資深教授級醫師，對三年前台大手術室發生大火，造成病患死亡的事件仍記憶猶新，當初院長陳明豐至今未對此事件出面道歉，規避該負擔的責任；這次事件，引爆台大醫師爆積怨已久的憤怒，對於陳明豐「以拖待變」，遲到數天後才出面的做法感到不以為然，根據《聯合晚報》報導，許多主任級以上醫師都認為院長應該下台負責。

愛滋器捐事件中第一個承認錯誤，也是第一個辭職負責的柯文哲，在台大醫院內有不少人讚許他的做法，也為他感到抱屈。認為柯文哲只是單純講實話，就變成替死鬼，「這樣以後誰還敢說實話？沒實話哪來的真相？沒真相又要怎麼改進缺失？」有醫學教授也私下透露，柯文哲就像真正做事的「事務官」，院長就像決定抓姦策略的「政務官」，怎麼會出錯事務官下台，政務官反而沒事？